该寺亦名三山街礼拜寺,是一座历史悠久的著名清真寺,是南京现存最早的清真寺。明洪武年间(1368―1399年)敕建,不久被焚毁.宣德五年(1430年)回族著名航海家三保太监郑和准备第六次下西洋的前夕,明宣宗特准郑和的奏请,动用国库资金重建净觉寺。随因朝代更迭等因素,几经毁坏、重修,现存的原建筑已然不多,万幸的是它依然还在,没被时间消磨殆尽。如今的寺院多为近代重修,砖雕牌坊虽然是当代重建,但上方仍有“敇建”二字,以保持当年风貌。净觉寺现存建筑有院落四进,有望月楼、正殿、后殿、阿訇斋及南北讲堂等。礼拜堂后有高墙一座,相传为明代所建,为南京寺庙中最高的墙壁。如今,净觉寺仍是穆斯林们进行伊斯兰教活动的地方。